<div class='content'>
	<h2>单细胞测序参考文献</h2>
	<p class=red>基本分析: 整合、降维、聚类(Subpopulation identification)、找marker、差异分析(Differential expression)、命名细胞类型。</p>
	<p class=red>高级分析: 拟时序分析(Cell trajectory inference)、SCENIC转录因子分析(Network reconstruction)、细胞通讯分析、RNA Velocity分析</p>
	<p>细胞通讯tool: CellPhoneDB，SingleCellSignalR，celltalker和iTALK以及cellchat。</p>
	<p class=red>如果是全长测序，还可以做 Alternative splicing, Allelic expression, RNA editing, </p>
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	<p></p>
	<p> <a href="">xx</a> aa</p>
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	<h3>脑胶质瘤</h3>
	<p>2020.7.8 NC [cancer stem cell] <a href="https://www.nature.com/articles/s41467-020-17186-5">Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy</a> : 分群，volocity, We also find that this progenitor population contains the majority of the cancer’s cycling cells, and, using RNA velocity, is often the originator of the other cell types.</p>

	<br>
	<p>2021.2.19 NC [glioma-associated brain macrophages] <a href="https://www.nature.com/articles/s41467-021-21407-w">Single-cell RNA sequencing reveals functional heterogeneity of glioma-associated brain macrophages</a> Here we show single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) of CD11b+ myeloid cells in naïve and GL261 glioma-bearing mice that reveal distinct profiles of microglia, infiltrating monocytes/macrophages and CNS border-associated macrophages. 
	[ <a href="https://github.com/jakubmie/2019_OchockaSegit">Code</a> ]
	</p>
	
	<p>distinct spatial distribution 空间转录组？</p>
	
	
	
	
	<h3>BMMC</h3>
	
	
	
	
	<h3>免疫微环境</h3>
	<p>2020年10月NC的膀胱癌免疫微环境 <a href="https://www.nature.com/articles/s41467-020-18916-5">Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma</a>: <br /> 一个单细胞转录组数据集，首先就有十几种细胞亚群，互相之间的相互作用组合起来太多了，所以通常并不需要全部分析，比如这个研究定位到了两个细胞亚群 iCAFs and mCAFs，就主要是看这两个细胞亚群和其它全部的细胞亚群的通讯关系。</p>
	<p>首先看 ligand-receptor pairs of cytokines 的关系。然后看 growth factors 的关系。居然就可以根据上面的细胞通讯关系绘制出来机制图。</p>
	
	<br>
	<p>2020年12月NC的食管鳞状细胞癌微环境 <a href="https://www.nature.com/articles/s41467-020-20019-0">Immune suppressive landscape in the human esophageal squamous cell carcinoma microenvironment</a>: <br />
	首先是；a Circos plot showing the predicted average strength in seven patients of the indicated interaction between macrophage-provided ligands and receptors in other cell types within tumor or adjacent tissues. <br>
	
	然后是：g Circos plot showing the predicted interaction strength of the indicated L–R pairs between tumor and adjacent tissues as Treg-provided ligands and  interactions with the indicated cell types averaged across seven patients.
	
	</p>
	
	
	

	<h3>张泽民组：T细胞谱系研究</h3>
<p>1. <a href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjUyNzYyOQ==&mid=2247485495&idx=1&sn=9bda74d959ee51099d52646211cf770a" title='scRNAseq' target="_blank">【肝癌】华人之光 | 张泽民：T细胞图谱第一人！史上最大规模癌症T细胞研究结果公布！</a> 2017年6月16日，张泽民教授与首都医科大学附属北京世纪坛医院的彭吉润教授、美国AMGEN公司的欧阳文军等合作研究组，在Cell杂志上联合发表。首次在单细胞水平上对肝癌微环境中的免疫图谱进行了全景式描绘。 
[<a href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MzQyNjY1MQ==&mid=2652453928&idx=2&sn=83a545e2d2daa4424ff79d6444dc788f" target="_blank">BioArt 报道</a>] <br>
<a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867417305962">《Cell:Landscape of infiltrating T cells in liver cancer revealed by single-cell sequencing》[<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28622514/" title='scRNAseq' target="_blank">NCBI</a>]</a>
</p>

<p>张泽民教授与彭吉润教授、欧阳文军教授等耗资数百万元，在单细胞水平对肝癌肿瘤微环境中T淋巴细胞的转录组及T细胞受体（TCR）序列进行了分析，共完成和采集了5000多个T细胞的单细胞测序数据。 </p>

<p>研究人员通过体外实验证明一种叫做Layilin的基因对于CD8 阳性T细胞的杀伤功能有抑制性调节作用，因此Layilin基因有可能成为免疫治疗研究的一个新靶点。基于TCR数据分析，该研究还发现，肝癌内存在大量肿瘤组织特异的克隆增生的T细胞，但是这些细胞大多处于耗竭状态，从而进一步揭示了肝癌细胞从免疫监视系统中逃逸的原因。 </p>

<p>该研究还描绘了初始型T细胞向耗竭状态发展的轨迹，并在耗竭性CD8 阳性T细胞亚群中新发现了一类FOXP3阳性的抑制性T细胞的存在，进而提出了耗竭T细胞会进一步发育成抑制性T细胞的新思路。 </p>





	<br>
	<p>2. <a href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjUyNzYyOQ==&mid=2247485495&idx=1&sn=9bda74d959ee51099d52646211cf770a" title='scRNAseq' target="_blank">【非小细胞肺癌】【2018nm】华人之光 | 张泽民：T细胞图谱第一人！史上最大规模癌症T细胞研究结果公布！</a> <br> 
	<a href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MzQyNjY1MQ==&mid=2652460472&idx=1&sn=f4ff218018d18e42804d44658af95365" title='scRNAseq' target="_blank">Nature Medicine| 张泽民组在单细胞水平绘制肺癌T细胞免疫图谱</a> 北京大学生命科学学院张泽民教授与北京大学第三医院闫天生教授等合作，2018年6月25日最新在Nature Medicine上发表论文，通过对14例非小细胞肺癌初治患者体内分离的12,346个T细胞进行深度的单细胞RNA测序，张泽民教授等充分描述了肿瘤浸润淋巴细胞的组成、谱系以及功能等基本特征。<br>
	<a target="_blank" href="https://www.nature.com/articles/s41591-018-0045-3">《NM:Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing》[<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29942094" title='scRNAseq' target="_blank">NCBI</a>]</a>
	</p>
<p>该项工作是国际上迄今为止规模最大的癌症T细胞研究。值得注意的是，这项研究首次揭示癌症患者体内存在两种CD8+ T细胞群，可能为耗竭状态T细胞的前体细胞，对于癌症患者的预后具有重要影响。 </p>



	
	<br>
	<p>3. <a href="https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MzQyNjY1MQ==&mid=2652463727&idx=1&sn=58a787b2062eab8b8893ff4045472821" title='scRNAseq' target="_blank">【结直肠癌】Nature | 张泽民组开发新方法揭示结直肠癌T细胞动态变化</a> 2018年10月29日，北京大学张泽民课题组联合美国Amgen欧阳文军团队和北京大学人民医院申占龙课题组在Nature杂志发表了题为Lineage tracking reveals dynamic relationships of T cells in colorectal cancer的研究论文。该项工作在国际上首次开发了STARTRAC （Single T-cell Analysis by Rna-seq and Tcr TRACking）生物信息分析方法，对在12位结肠癌病人中获取的11,138个单个T细胞的组织分布特性、克隆性、迁移性和状态变化特性进行了系统性地定量刻画，是目前对肿瘤浸润T细胞最新颖最深入的研究。特别指出的是，本研究首次发现了基因组微卫星不稳定（Microsatellite instable，MSI）和微卫星稳定（Microsatellite stable，MSS）病人间差异的新类群，并阐释了类群特异表达的协同刺激因子的功能。此项国际领先的开创性工作，可为人们研究其他疾病中的T细胞以及开发新的治疗方案提供思路。<br>
	<a target="_blank" href="https://www.nature.com/articles/s41586-018-0694-x">《Nature:Lineage tracking reveals dynamic relationships of T cells in colorectal cancer.》[<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30479382/" title='scRNAseq' target="_blank">NCBI</a>]</a>
	</p>
	
	
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	<p>4. 2020.4.16 Cell: [ CRC 靶向髓系疗法]<a href="https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30341-X">《Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid-Targeted Therapies in Colon Cancer》</a> 该研究利用单细胞转录组测序技术对结直肠癌患者的肿瘤微环境，特别是浸润髓系细胞类群首次进行了系统性的刻画，同时利用小鼠模型，对anti-CSF1R抑制剂和anti-CD40激动剂两种靶向髓系细胞的免疫治疗策略潜在的作用机理给出了解释。1.scRNA-seq analyses highlight conserved myeloid subsets in human and murine CRC; 2. Two distinct TAM subsets show inflammatory and angiogenic signatures, respectively; 3.Two distinct TAM subsets show differential sensitivity to CSF1R blockade; 4. Anti-CD40 activates specific cDC1s and expands Th1-like and CD8+ memory T cells
	| <a href="https://news.pku.edu.cn/jxky/8ef323c49dbf4ab1ae4aa9843555e379.htm">新闻稿</a> 
	| <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32302573/">[NCBI]</a> 
	</p>
	
	
	
	<br>
	<p>5. 2021.2.4 Cell: [肿瘤浸润髓系细胞]<a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421000106">A pan-cancer single-cell transcriptional atlas of tumor infiltrating myeloid cells</a> 1.Pan-cancer analysis reveals heterogeneity in tumor-infiltrating myeloid cell composition; 2.The ratio of TNF+ versus VEGFA+ mast cells underlines their cancer-type-specific functions; 3.LAMP3+ cDCs are widely present, with diverse developmental origins and functions; 4. Pro-angiogenic TAMs exhibit distinct expression profiles across different cancer types [
	| <a href="https://mp.weixin.qq.com/s/2ahRwqQ-GPD3p4e0QYFcOg">新闻稿</a>  
	| <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33545035/">NCBI</a>  
	| <a href="https://github.com/Sijin-ZhangLab/PanMyeloid">code</a>  
	]</p>
	<p></p>
	

	
	
	<br>
	<p>6. 2021.12 <b>Science</b>: [Meta-cluster, pan-cancer T 细胞]<a href="https://www.science.org/doi/10.1126/science.abe6474">Pan-cancer single-cell landscape of tumor-infiltrating T cells</a> We built a single-cell RNA-sequencing pan-cancer atlas of T cells for 316 donors across 21 cancer types and revealed distinct T cell composition patterns. [
	| <a href="https://icg.pku.edu.cn/en/nenter/publications/518565.htm">新闻稿</a>  
	| <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34914499/">NCBI</a>  
	| <a href="https://doi.org/10.5281/zenodo.5461803">code</a>  
	]</p>
	<p></p>
	










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	<p> <a href="">xx</a> aa</p>
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